Если в файле метаданных Home Media Server (hmi) сохранен старый путь файла, то после выполнения загрузки метаданных путь файла в базе программы меняется на старый и соответственно файл удаляется из базы программы как несуществующий. С реальным файлом ничего не происходит.
Рекомендуется отключить выполнение скрипта загрузки метаданных "Файл метаданных Home Media Server" (Настройки - Медиа-ресурсы - Чтение свойств - Метаданные - Настройка)